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第二屆國(guó)際青年生命科學(xué)家亦莊論壇暨生物治療峰會(huì)：KASP——快速高通量進(jìn)行SNP分型的方法
來(lái)源: | 作者:sinogenomax | 發(fā)布時(shí)間: 2023-03-07 | 3230 次瀏覽 | 分享到:
2016年9月23日—9月25日，“第二屆國(guó)際青年生命科學(xué)家亦莊論壇暨生物治療峰會(huì)”（以下簡(jiǎn)稱青科會(huì)）在亦莊舉辦。
2016年9月23日—9月25日，“第二屆國(guó)際青年生命科學(xué)家亦莊論壇暨生物治療峰會(huì)”（以下簡(jiǎn)稱青科會(huì)）在亦莊舉辦。論壇內(nèi)容分為腫瘤、細(xì)胞治療和分子醫(yī)學(xué)三部分，分別在三個(gè)分會(huì)場(chǎng)進(jìn)行。
 


諾賽基因科技服務(wù)部婁海娟博士受邀參加第二屆青科會(huì)，向廣大學(xué)者介紹了一種快速高通量進(jìn)行SNP分型的新方法——KASP。婁海娟博士從KASP簡(jiǎn)介、KASP 分型原理、KASP應(yīng)用范圍、案例解析這四個(gè)方面進(jìn)行了詳細(xì)的介紹，引發(fā)了廣大聽(tīng)眾的密切關(guān)注和激烈討論。


KASP平臺(tái)介紹

KASP方法即Kompetitive Allele-Specific PCR（競(jìng)爭(zhēng)性等位基因特異性PCR），可以用2個(gè)熒光探針、2個(gè)通用淬滅探針，再加多個(gè)位點(diǎn)特異探針來(lái)檢則多個(gè)SNP位點(diǎn)，這項(xiàng)技術(shù)是基于引物末端堿基的特異匹配來(lái)對(duì)SNP分型以及檢測(cè)InDels (Insertions and Deletions，插入和缺失)。原理上類似Taqman檢測(cè)，也是基于終端熒光讀取判斷，每孔采用雙色熒光檢測(cè)一個(gè)樣本的一個(gè)位點(diǎn)可能的兩種基因型，而KASP技術(shù)與Taqman技術(shù)不同的是，它不需要每個(gè)SNP位點(diǎn)都去合成特異的熒光引物，它基于自己獨(dú)特的ARM PCR原理，讓所有的位點(diǎn)檢測(cè)最終都使用通用熒光引物擴(kuò)增，這大大降低了LGC KASP的試劑成本，既有金標(biāo)準(zhǔn)的準(zhǔn)確，又降低了使用成本，比Taqman還具有更好的位點(diǎn)適應(yīng)性，所以在醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)檢測(cè)方面KASP都有非常好的應(yīng)用。

技術(shù)特點(diǎn)

1.只要合成兩個(gè)通用熒光探針，兩個(gè)通用淬滅探針，再加合成多個(gè)針對(duì)具體位點(diǎn)的SNP PCR引物，就可以測(cè)許多位點(diǎn)。

2.因?yàn)闊晒馓结樅痛銣缣结樝鄬?duì)較貴，KASP方法相比于Taqman方法，可以通過(guò)通用熒光探針來(lái)代替針對(duì)位點(diǎn)的熒光探針，大大節(jié)約成本。

送樣要求

1. 請(qǐng)?zhí)峁┭?、組織或DNA樣品，及準(zhǔn)確的基因名稱（基因ID）、序列和詳細(xì)的SNP位點(diǎn)信息。

2. 血液：樣品需用EDTA抗凝，總量大于1 ml，采集后于－20℃或－80℃保存。

3. 組織：樣品可為新鮮組織（最好保存于－80℃）、石蠟包埋的組織或95%乙醇中固定的組織，總量≥10mg。樣品－70℃郵寄至本公司（干冰或液氮運(yùn)送）以保證樣品質(zhì)量。

4. 基因組DNA：濃度≥20ng/μl，總體積≥20μl。所需樣品量根據(jù)實(shí)驗(yàn)要求做相應(yīng)調(diào)整。

5. PCR產(chǎn)物：達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求的PCR產(chǎn)物，濃度≥50ng/μl，總體積≥20μl。